土壤的有机质含量是衡量果园土壤肥力的一个重要指标，也是生产无公害果品的基本条件。土壤有机质含有的营养元素种类多，能够均衡长久地供给果树生长发育所必需的全部营养元素，防止缺素症。土壤有机质缺乏是果树产量低、品质差、抗逆性差的主要原因。增加果园土壤有机质主要有以下几种方法。
一、落叶归根
果树落叶中含有大量的病虫源，不能直接覆盖在树下，可将枯枝落叶清园，集中起来制成堆肥，经高温堆腐杀菌后，再施用到果园中。
二、种植绿肥或生草
郁闭度较小的果园，可在果园内种植苜蓿、三叶草、大豆等绿肥或生草，适时割刈覆盖。种植绿肥时，要留出足够的树盘，防止绿肥影响果树生长发育。1年生的果树，树盘直径应不小于1米；2年生以上的果树，树盘直径应比树冠再大出30厘米。对种植的绿肥要适量追肥，以促进生长，增加产量。
三、果园覆草
果园内覆草，腐烂后翻入土中是增加土壤有机质主要的方法。一般每亩施入干有机物2250公斤，果园0——30厘米土层内的有机质含量才能提高1%。覆草的种类有作物秸秆、杂草、枯枝落叶等。果园覆草的时间以冬春季为宜，即利用农闲时间将草搬到果园内覆盖。覆草后，要在草上面撒些土，以防风刮和火灾。为加速草的腐烂，可在草中撒少量尿素，一般每吨干草撒25公斤尿素。
四、园内养畜禽
果园可养畜禽，进行合理的种养互补。现已推广应用的有果园养鸡、猪、鹅、兔、龟等。以养鸡为例，鸡粪是优质肥料，可提高果园的土壤肥力，减少肥料投资。由于鸡群喜欢啄食小昆虫，因而能捕食大量地面和果树茎部的害虫以及这些害虫的蛹和卵，使果园害虫大大减少，从而减少了用药量，农药残留少。加之果园内食料来源丰富，鸡群可捕食多种活的昆虫，还可采食青草等，既节省了饲料，又起到果园除草的作用，还能增强鸡群体质，减少疾病发生。这样，果实和鸡肉内农药、化肥残留的有害成分大大降低，因此二者的质量好、售价高。
五、巧用草木灰
草木灰是优质钾肥和土壤疏松剂，可提高果树抗旱性，使其枝叶青绿，增强光合作用，减少花果脱落，促使花、果着色鲜艳，提高果实品质。同时，还是果树病虫害的“克星”，能防止早期落叶，防治果树根腐病。用草木灰防治果树根腐病的方法是：松动果树根旁土壤，并轻轻扒除根际土壤，露出根系，用小刀刮去根上病皮，晾根2——3小时，将新鲜草木灰撒在病根四周，再覆土埋根，经过这样处理，果树吸收水、肥的正常功能得到恢复。
六、行间种植矮秆作物
可在幼龄果树行间间作牡丹、白术、白芍、党参、桔梗、柴胡、黄芩、半夏、麦冬和百合等中药材，或夏季套种花生、大豆、绿豆、红小豆，秋季和早春套种白菜、胡萝卜、甘蓝、大蒜和萝卜等，这样不但可以提高果园的经济收入，还能加速土壤熟化，减少地面水、肥流失，促进果树生长，实现用地与养地相结合，达到以短养长的目的。
七、施入“菌达六九元素”
长期以来，由于人们滥施化肥，特别是偏施某一类的化肥，使土壤结构遭到破坏，加上耕作复种指数提高、机械碾压及人畜践踏、不合理的耕作等，使土壤日趋板结，土壤的通透性变差，水、肥、气、热难以协调作用，果树根系不发达，对肥料利用率降低，土传病害严重，保水抗旱能力下降，果树长势不良，产量不高，导致果农投入高、回报少。
“菌达六九元素”能改良土壤结构，补充土壤养分、协调土壤的水、肥、气、热，增强土壤的通气透水能力和保肥、保水、供肥、供水能力。
“菌达六九元素”可有效补充土壤有益微生物及9大元素，改善土壤理化性质、改善土壤微生物体系平衡状态。
“菌达六九元素”肥富含多种有益微生物，水溶性有机质黄腐酸、可显著增加土壤有机质，促进团粒结构形成，松软透气，保水保肥，同时，增强土壤解磷、解钾、固氮能力。另一方面，对重金属亲和吸附，其产生的有机酸溶解矿物质，将其转化为低毒产物，减低农药残留。
“菌达六九元素”解决以下土壤难题：
1、解决土壤板结、酸化、重茬等世纪难题；
2、保土养根，解决生根剂生根不养根的弊端；
3、对植物黄叶、苗弱、烂根、根腐、死棵、早衰等，有特殊效果；
4、减少化肥用量，提升农产品品质，增产增收效果非常突出。